O foco deste trabalho está na busca da integração entre as Procuradorias da República Locais e as respectivas Procuradorias Regionais da República, vez que é comum tais Procuradorias assumirem posturas diferentes diante de mesmos casos. É aqui que insistimos na atuação planejada do órgão ministerial desde a primeira instância até os tribunais superiores, havendo a necessidade de uma ação uniforme em favor do interesse público, sob pena de se estar desperdiçando recursos e vendendo ilusões para uma sociedade que implicitamente acredita em um Ministério Público integrado e com uma produção eficaz. Independência com integração: eis um desafio a ser superado.
Como já se discutiu, faz-se necessário frisar que a Procuradoria Local irá trabalhar diretamente com a Justiça Federal, atuando no primeiro grau, ao passo que a Procuradoria Regional irá trabalhar com a Justiça Federal em segundo grau, ou seja, junto aos Tribunais Regionais Federais.
Desta maneira, o Ministério Público Federal poderá atuar como parte no processo ou como fiscal da lei. Porém, independente da sua atuação, verifica-se, por vezes, uma falta de sintonia no órgão, mediante a adoção de posicionamentos bastante discrepantes. Eis, mais uma vez, o grave problema da necessidade de integração.
É verdade que dependemos do Ministério Público, pois este é um guardião da lei e defensor da sociedade, mas para que tal instituição haja de forma a condizer com seus princípios deve haver um esforço de consenso entre os procuradores locais e os procuradores regionais.
Segundo Fábio Kerche, doutrinador e pensador do Direito, a Constituição Federal de 1988 acarretou um alto grau de autonomia aos membros ministeriais, porém com poucos instrumentos de controle.
Repita-se: a sociedade precisa estar advertida de que alguns membros do Ministério Público Federal estão constitucionalmente autorizados a advogar. Foi uma escolha do constituinte de 1988, inserida nas disposições transitórias de uma Carta que ainda precisa ser lida, descoberta e interpretada.
Ainda Kerche, menciona fatores organizacionais que limitam essa integração, afirmando que não são exigidos no nosso país relatórios anuais de atividades, e ainda que existisse tal exigência ficaríamos na dúvida se os dados seriam reais.
A hipótese: a dificuldade de interação e a ausência de contatos efetivos entre os Procuradores da República é um dos obstáculos para que haja um trabalho em equipe, o que impede um razoável nível de uniformidade e adequado rendimento na atuação institucional.
A hipertrofia do princípio da independência funcional, muitas vezes, inviabiliza a atuação institucional, demonstrando-se necessária a sua flexibilização.
Bruno Amaral Machado, a partir de um estudo baseado em entrevistas com Procuradores da República em Brasília, constatou (MACHADO, 2007:174):
A independência funcional não deveria impedir estratégias de atuação conjunta na avaliação dos procuradores de Brasília. A sintonia entre procuradores de distintos ofícios, procuradores regionais (atuação em segunda instância) e subprocuradores (atuação perante os Tribunais Superiores) é parte da estratégia que alguns dos entrevistados avaliam como necessária para o desempenho das funções. Um dos procuradores salienta a metodologia utilizada no desempenho de suas atividades, destacando que, atualmente, há o interesse em se fomentar a atuação conjunta dos membros do MPF.